Eduardo da Silva przeniósł się do Szachtara z Arsenalu w lipcu 2010 roku . W swoim debiutanckim sezonie Chorwat został najlepszym strzelcem zespołu w Lidze Mistrzów, a jego trafienia pomogły drużynie z Doniecka w dojściu aż do ćwierćfinału. Rok później napastnik pomógł drużynie w zdobyciu Pucharu Ukrainy.

W lipcu 2014 roku Eduardo przeniósł się do brazylijskiego Flamengo , ale po równym roku ponownie zawitał w Szachtarze, stając się najlepszym zawodnikiem zespołu w sezonie 2015/16. Przez wszystkie lata gry dla klubu 33-latek rozegrał 173 mecze we wszystkich rozgrywkach, w których strzelił 57 goli i zdobył cztery tytuły mistrzowskie, cztery puchary kraju i trzy Superpuchary.